معنا ندارد [طلبه در] حوزه علمیه، شرح تجرید خوانده، شرح منظومه خوانده، بدایه خوانده، نهایه خوانده، اسفار خوانده، شفا خوانده، اشارات خوانده، حکمت الاشراق خوانده، اما یک دوره توحید صدوق نخوانده!… یک دور کافی نخوانده، یک دور بحار نخوانده. پس چه خوانده‌ای؟! منبع معرفتی ما باید قرآن و روایات باشد.
انتقاد استاد سید محمد مهدی میرباقری از وضعیت اسفناک طلاب در مواجهه با علوم و معارف اهل بیت علیهم السلام:
«آشنایی با معارف اهل‌بیت(علیهم السلام) باید محور حوزه علمیه باشد؛ اگر از محور بودن در حوزه بیرون رفت، این حوزه از مدار خودش خارج شده است.
حوزه‌ای که مدار آن در فقه و اخلاق و عرفان، معارف اهل‌بیت(علیهم السلام) نباشد، شک نکنید که این حوزه، شیعی نیست. می‌شود: حوزه مدینه یا حوزه الازهر.
معنا ندارد [طلبه در] حوزه علمیه، شرح تجرید خوانده، شرح منظومه خوانده، بدایه خوانده، نهایه خوانده، اسفار خوانده، شفا خوانده، اشارات خوانده، حکمت الاشراق خوانده، اما یک دوره توحید صدوق [و کتب روایی دیگر را] نخوانده! این قابل دفاع نیست.
این به معنی انکار فلسفه نیست؛ من نمی‌خواهم فلسفه را انکار کنم؛ می‌گویم این‌طرفش چه شد؟ طلبه ممکن است با حساب و کتاب [و در صورت لزوم]، ادبیات معاصر یا روشنفکری را [هم] بخواند و همچنین کتاب‌های خوب مثل کتب علامه مطهری(ره) و کتب علامه طباطبایی(ره) را بخواند، اما اصول کافی و بحارالانوار چطور؟! [اگر نمی‌خوانیم] پس چرا اسم خودمان را می‌گذاریم طلبه؟
من نمی‌گویم آنها را نخوانید، می‌گویم